Final Fantasy II ถึงแม้จะเป็นเกมภาคต้นๆ ของซีรี่ย์ แต่ก็นับเป็นภาคที่มีจุดเด่นและเอกลักษณ์ไม่แพ้ภาคใหม่ๆ การเล่าเรื่อง พัฒนาจากภาคแรกที่เป็นแค่ทีมผู้กล้าลุยเข้าไปฆ่าบอส มาเป็นโลกที่มีเหตุการณ์ต่างๆ เกิดขึ้นเปลี่ยนแปลงไปในระหว่างการเล่น Cid และ Chocobo ก็ปรากฏตัวขึ้นเป็นครั้งแรก

เนื้อเรื่องใน Final Fantasy II เริ่มต้นขึ้น เมื่อจอมจักรพรรดิ์ Emperor Mateus แห่งจักรวรรดิ์ Palamecia ส่งกองกำลังเข้ารุกรานหมู่บ้าน Fynn ของพระเอกของเรา Firion ครอบครัวของเขาถูกฆ่าตาย และเมืองของเขาถูกเผามอดไหม้เป็นเถ้าถ่าน Firion เองก็แทบจะหนีจากการตามล่าของทหารจักรวรรดิ์ไม่พ้น เหตุการณ์ที่เกิดขึ้น ทำให้ Firion รังเกียจจักรวรรดิ์และพวกผู้ปกครองที่มีอำนาจ กลายเป็นความแค้นฝังใจที่ส่งผลให้เขากลายเป็นคนเลือดร้อน และทำให้เขาค้นพบเป้าหมายในชีวิตของเขา คือการสร้างโลกทีั่ทุกๆ คนมีอิสระเสรี ปราศจากการใช้อำนาจและชนชั้นปกครอง

Firion เข้าร่วมกับ Wild Rose กองกำลังปฏิวัติ เพื่อปลดแอกตนเองจากการปกครองโหดร้าย และทำความฝันของเขาให้เป็นจริง

Final Fantasy II นับเป็นภาคที่มีตัวละครสำคัญๆ เสียชีวิตไปในสงครามเป็นจำนวนมากที่สุดเลยทีเดียว